在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
我就一个死宅，为什么来到了这个可怕的玄幻世界？！哈哈，可惜我是无敌的。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
玄罗宗后山雨夜，杂役沈渊与老张头被追杀。老张头临死前将一柄锈剑塞进沈渊手中，被莫颜儿一把灵火焚尸。沈渊扑上去拼命，被周寒一剑穿胸。鲜血浸染锈刃，剑尊残魂苏醒，以青铜古法重塑凡躯。沈渊反杀周寒，重伤莫颜儿，力竭昏死，被路过的苏青栀背回药庐。为重塑碎裂的肉身，沈渊跳入雷鸣瀑，以天雷淬体，碎九十九条经脉，硬生生踏入炼气一层。此后他一路吞噬灵器进化长剑，结识炼器天才齐远、玉兽宗陆瑶，反杀追杀而来的赵铁山、墨九，更在雷云谷引九重天雷渡劫，硬吞五阶镇魂棺，铸成剑意筑基。为求活路，沈渊杀入九州大比。外卡擂七连胜，正赛斩王珏、胜裴烈、吞姜瑶之毒、破云璃卦阵，一路踩着天骄骨血杀入四强。授旗大典上，他当众揭穿玄罗宗“人丹计划”——以活人炼丹，屠戮杂役。沈渊以金丹之躯，逆着跪伏人潮提剑向前，三纹齐亮，剑指万族。“打赢一场，就强一分。打不赢，就拿命换一分。总有一天，没人能再踩着我。”
游戏设计师昊宇穿越进自设游戏，凭造物主般实力折服林晓，联手主播富坤组成 “夜龙” 铁三角。为救重病母亲争夺呼吸机，闯险境横扫校际赛场，强忍穿越后遗症对抗暮鸦会，力克内鬼强敌，拿下世界赛资格踏上全新战场。
雪王来到陌生都市，在这里结识了温柔的本地朋友来萌和神秘的“都市侠”冰冰。三人阴差阳错间，共同守护起城市中心的一处小摊。奇怪的是，每个路过的人似乎都带着亟待解决的烦恼，于是这支“临时小队”展开了边看摊、边替人排忧解难的日常——虽然方法天马行空，结局也时常跑偏，但总有欢笑与温情相伴而来。
