在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
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传说，在世界顶点的十二个使徒中，祐尔曼是公认最强的存在。但同时他也是最让人类猜不透的使徒，因为没人知道他想要什么，财富？名声？势力？这些在他眼里都不值一提。而如今，这样一个传说中的使徒竟然悄悄的出现在了人类帝国的军队中。人类中隐藏的邪恶势力蠢蠢欲动，使徒力量的出现让各方势力躁动不安。
九州大陆，仙道昌盛，世人皆以拜入仙门为荣。然而界壁裂缝突现，有异界魔族开始偷偷潜入九州仙门。异界魔族潜入各大仙门后，试图逐渐执掌仙门权柄，企图颠覆九州大陆。剑仙牧勋携同道好友阻拦魔族入侵，却不幸中了魔族陷阱，被误以为是仙门叛徒。牧勋为寻找时机，找寻魔族潜伏的线索，决定隐其踪迹不再示人，并将其独子东方灏交由妻子之氏族抚养照顾。身负帝族血脉却灵根不显的东方灏，一直被同族视作庸人，备受欺凌；本是剑仙之后，却因其父被魔族陷害而命途坎坷的他，在危机时刻，毅然凭借不懈努力化险为夷，一步步走向证道成仙之路。太初秘境，昭武王都，东方灏义气挺身，多次救友人于危难之中。同时，东方灏也从未忘记去寻找失踪的父亲。驯蛟龙，争仙魄，修为不断提升的他立志找回父亲，并重新凝聚各大仙门，将魔族赶出九州大陆。
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
陈岛来到浩元大陆，发现自己竟是个零天赋的修行废材，好在觉醒了能改变时间的金手指。他本想利用改变万物时间的能力，暗中成长。然而随着家族内斗的爆发，身为少主的他自然无法置身事外。
