在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的境界。为了阻止重返世间的黑暗之子玛蒙，安在伙伴们的帮助下一起向黑暗之神玛蒙发起战斗，欲夺回圣灵之冠……
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，但不知道为什么，它总是差那么一点点。这一季，它依旧每天在各种甜点和美食里“上班”，却遇见了更多离谱又治愈的故事：被困外卖柜、误入奇幻世界、寻找命中注定的人类、结识新的伙伴……也和老朋友珍珠李建勋、芦荟安东尼、芋圆黄圆、枸杞赵建国继续过着吵吵闹闹的日常。尽管红小豆一直没有实现被吃掉的梦想，但不妨碍它说：“今天真是辛苦我了！”
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！” 紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
斗魂大赛开始了，立志要振兴的唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下、唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院……
