天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
人类世界之外，藏着神秘而美好的叶罗丽仙境。这里的仙子因自然与人类世界的兴衰而生，也与万物命运相连。当人类世界灾难骤起，风云失色，失衡的力量逐渐波及仙境。危机之中，人类与仙子重新理解彼此，为守护两个世界共同的未来，倾尽所有，并肩而战。
