日本有“一粒米里住着七个神”的传说。米神（米女王）的孩子——越野家7姐妹。失踪的母亲和去寻找她的父亲。姐妹们努力找回破碎的家庭，通过各种各样的相遇和料理。学习食物的重要性并成长。
1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处。
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五十岚抛弃过去，为了逃离社会而移居鹿儿岛县“トカラ列岛”。在被称为“日本最后的秘境”的“火之岛”相遇的，是岛上唯一的中学生とんぼ。天真烂漫的少女，隐藏着意想不到的高尔夫才能！？以这次相遇为契机，两人的命运发生了很大的变化…。
位于东京西部的巨大的“学园都市”，这座总人口达230万的城市中，学生比例约占八成。为了开发学生的超能力，这里实施着特殊的课程体系能力，从“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”，共分为六个等级进行评定。这是一所拥有远超世间常识的科学技术，让每个人都能获得科学能力、安全生活的梦幻般教育机构——在这份和平的表象之下，存在着名为“暗部”的组织，他们专门接手那些永远无法见光的“脏活”。 “道具（Item）”是由四名少女组成的精锐部队：能够自由操控氮气，构筑铁壁防御的绢旗最爱；善用爆炸物与陷阱，将战场玩弄于股掌之间的芙兰达·塞维伦；能够读取并追踪能力者所释放的微弱力量的泷壶理后；在学园都市中仅有的七位“超能力者（Level 5）”之一的麦野沉利。出现在她们面前的第五位少女，这份相遇将“道具”引向了新的黑暗深渊…… 这是一个描绘暴力、不义与背德交织，一群相当特立独行的超能力少女们的日常、羁绊，以及那深邃无边的“黑暗”的故事。
